Giải trình tự WGS vi khuẩn

Phù Sa Genomics cung cấp dịch vụ giải trình tự gen NGS toàn diện — từ tiếp nhận mẫu, chuẩn bị thư viện, chạy máy, đến phân tích bioinformatics và bàn giao dữ liệu. Dịch vụ phù hợp cho nghiên cứu học thuật, xét nghiệm sinh học phân tử, chẩn đoán thú y/thủy sản, kiểm soát chất lượng chuỗi cung ứng, và các ứng dụng công nghiệp.

• Whole Genome Sequencing (WGS) —động/thực vật, vi sinh vật.
• Whole Exome Sequencing (WES) — panel exon người/động vật.
• Targeted Sequencing / Panel panels — panel gene bệnh lý, panel ung thư, panel thú y/vi sinh, custom amplicon 16S / Metagenomics / Microbiome sequencing —profiling cộng đồng vi sinh vật, shotgun metagenomics.
• Microbial Whole Genome (bacterial / fungal) và AMR profiling — nuôi cấy hoặc trực tiếp từ mẫu.

Quy trình dịch vụ

1. Tư vấn: chọn gói (WGS/WES/panel…), tư vấn mẫu, yêu cầu đầu ra (coverage, read length).
2. Thu nhận và kiểm tra mẫu: nhận mẫu khách hàng hoặc thực hiện tách chiết (nếu yêu cầu). Kiểm tra chất lượng (ngưng tụ, A260/280, DIN/RIN cho RNA)
3. Chuẩn bị thư viện (library prep): chọn phương pháp phù hợp (short-insert, mate-pair, amplicon, capture).
4. Sequencing: Nạp mẫu và đọc trình tự
5. Kiểm soát chất lượng (QC) và xử lý ban đầu: lọc read, kiểm tra adapter contamination, Q-score (Q20/Q30), mức độ duplicate, coverage.
6. Phân tích/bioinformatics: mapping/variant calling, assembly, annotation, differential expression, taxonomic profiling…
7. Bàn giao & hỗ trợ kỹ thuật: báo cáo PDF, dữ liệu thô (tùy chọn lưu trữ/transfer), tư vấn giải thích kết quả, hỗ trợ downstream analysis.

Yêu cầu mẫu và tiêu chí chất lượng

• DNA: nồng độ, thể tích tối thiểu và độ tinh khiết (A260/280 ~1.8); molarity/µg tùy ứng dụng.
• RNA: RIN/DIN ≥ ngưỡng tối thiểu cho transcriptome; tránh mẫu phân hủy.

Trả kết quả

• Báo cáo tóm tắt PDF (kết luận, QC key metrics, bảng biến thể/danh sách gene/biểu đồ)
• Dữ liệu thô: FASTQ (download / transfer), tùy yêu cầu: BAM, VCF, annotation files